خصص مشروع التعاملات الإلكترونية ميزانية لتغطية تكاليف تنفيذ الخدمات التي تقدمها الجهات الحكومية إلكترونياً. وسيكون تخصيص ما يلزم لتنفيذ مشاريع هذه الخدمات وفق آلية محددة ومرنة من خلال لجنة فنية مشتركة من الجهة الحكومية المعنية، برنامج التعاملات الإلكترونية الحكومية (يسِّر)، ووزارة المالية (إدارة الميزانية العامة). وستقوم الجهات الحكومية بتقديم طلباتها لوزارة المالية وفق نموذج أعد لهذا الغرض، وتم تعميمه من قبل معالي وزير المالية. وذلك على النحو التالي:

1- يتم مراجعة الطلبات من قبل اللجنة الفنية (إدارة البرنامج - إدارة الميزانية العامة) بمشاركة الجهة الحكومية.

2- عند إقرار طلب الجهة بتمويل الخدمة - الخدمات المقترحة من المشروع يتم استكمال نقل المبالغ اللازمة لميزانية الجهة لتنفيذ الخدمة.

3- طلب واعتماد وتنفيذ خدمات المشروع غير مرتبطة بإعداد الميزانية العامة للدولة حيث يمكن أن يتم ذلك خلال السنة المالية متى ما كانت هناك خدمة جاهزة للتنفيذ مما يُتيح مرونة عالية تؤثر إيجابياً على عامل الوقت.