ضمن مشروع حماية التراث الوطني المخطوط الذي تتولاه مكتبة الملك فهد الوطنية بالتعاون والتنسيق مع المكتبات والجامعات، فقد أنجزت المكتبة مسح أكثر من (35000) مخطوطة أصلية وردت فيما يزيد على تسعة ملايين صفحة، وتم تخزينها على وسائط رقمية تشمل الأقراص الصلبة والأقراص المدمجة ضمن نظام الاسترجاع الذي يتيح خدمة الباحثين والمحققين بيسر ومرونة مع المحافظة على أصول المخطوطات من التعرض للتلف. ويستمر تنفيذ مشروع حماية التراث الوطني المخطوط بالتنسيق مع المكتبات حتى اكتمال مسح جميع المخطوطات الأصلية المتوفرة في المكتبات السعودية في مناطق المملكة كافة، حيث تم حتى الآن إنجاز تصوير مخطوطات مكتبات جامعة الملك سعود، وجامعة الإمام محمد بن سعود الإسلامية، وجامعة أم القرى، ومكتبة الملك عبدالعزيز العامة بالمدينة المنورة بما فيها مكتبة عارف حكمت والمكتبة المحمودية، وجامعة الملك عبدالعزيز بجدة، ومكتبة مكة المكرمة التابعة لوزارة الشؤون الإسلامية والأوقاف، ومكتبة عبدالله بن عباس بالطائف.

وتقوم المكتبة الوطنية بتسليم المكتبات المشاركة في المشروع نسخة إلكترونية مماثلة لما لدى المكتبة الوطنية، مما يوفر الجهد والأموال ويسهم في خدمة الباحثين.