تنفذ مصلحة الزكاة والدخل منذ أكثر من سنتين مشروعاً طموحاً لتحديث وتطوير المصلحة، يشمل إعادة هيكلة أعمال المصلحة، وتحديث الأنظمة واللوائح والإجراءات الزكوية والضريبية، وتطوير وتطبيق أنظمة معلومات حديثة، ورفع كفاءة العنصر البشري عن طريق التدريب والتأهيل.

كما تعمل المصلحة بالتعاون مع إحدى الشركات العالمية المتخصصة، على تطوير نظام زكوي وضريبي آلي شامل يعتمد أسلوب الربط الذاتي، ويمكّن المكلف من إرسال إقراره الزكوي والضريبي والسداد بموجبه آلياً، دون الحاجة إلى مراجعة المصلحة، (e-payment, e-filing)، وتجدر الإشارة إلى أن المصلحة أنشأت مؤخراً موقعاً لها على شبكة الإنترنت باللغتين العربية والإنجليزية يحتوي على الأنظمة واللوائح الزكوية والضريبية والتعليمات والنماذج والأسئلة الأكثر شيوعاً.