هناك عدة أسباب رئيسية لحالات التداخل الجنسي منها الوراثة بنسبة كبيرة وتناول أدوية أو وجود اختلال في هرمونات الأم تسبب خللاً في تكوين الأجهزة التناسلية أثناء الحمل، لذا ينبغي تجنب زواج الأقارب في مثل هذه الحالات لأن ذلك يزيد من فرصة حدوث هذه المشكلة، كما ينبغي عدم تناول الهرمونات وغيرها من الأدوية التي قد يكون لها تأثير هرموني على الجنين ويؤدي إلى خلل في تكوين الأجهزة التناسلية.
