المجلس الأعلى والمجلس الوزاري والأمانة العامة
الهيكل التنظيمي لمجلس التعاون لدول الخليج العربية

أولاً المجلس الأعلى
هو السلطة العليا لمجلس التعاون، ويتكون من رؤساء الدول الأعضاء، ورئاسته دورية حسب الترتيب الهجائي لأسماء الدول، ويجتمع في دورة عادية كل سنة.
ويجوز عقد دورات استثنائية بناء على دعوة أي دولة عضو، وتأييد عضو آخر.
وفي قمة أبوظبي لعام 1998، قرر المجلس الأعلى عقد لقاء تشاوري فيما بين القمتين السابقة واللاحقة.
ويعتبر انعقاد المجلس صحيحاً إذا حضر ثلثا الأعضاء الذين يتمتع كل منهم بصوت واحد.
وتصدر قراراته في المسائل الموضوعية بإجماع الدول الأعضاء الحاضرة المشتركة في التصويت، وفي المسائل الاجرائية بالأغلبية. النظام الأساسي.
الهيئة الاستشارية العليا
وهي مكونة من ثلاثين عضواً على أساس خمسة أعضاء من كل دولة عضو يتم اختيارهم من ذوي الخبرة والكفاءة لمدة ثلاث سنوات. وتختص الهيئة بدراسة ما يحال إليها من المجلس الأعلى نظام الهيئة.
هيئة تسوية المنازعات
تتبع المجلس الأعلى هيئة تسوية المنازعات التي يشكلها المجلس الأعلى في كل حالة حسب طبيعة الخلاف النظام الأساسي.
ثانياً المجلس الوزاري
يتكون المجلس الوزاري من وزراء خارجية الدول الأعضاء أو من ينوب عنهم من الوزراء، وتكون رئاسته للدولة التي تولت رئاسة الدورة العادية الأخيرة للمجلس الأعلى، ويعقد المجلس اجتماعاته مرة كل ثلاثة أشهر ويجوز له عقد دورات استثنائية بناء على دعوة أي من الأعضاء وتأييد عضو آخر، ويعتبر انعقاده صحيحا إذا حضر ثلثا الدول الأعضاء.
وتشمل اختصاصات المجلس الوزاري، من بين أمور أخرى، اقتراح السياسات ووضع التوصيات الهادفة لتطوير التعاون بين الدول الأعضاء، والعمل على تشجيع وتنسيق الأنشطة القائمة بين الدول الأعضاء في مختلف المجالات، وتحال القرارات المتخذة في هذا الشأن إلى المجلس الوزاري الذي يرفع منها بتوصية الى المجلس الاعلى مايتطلب موافقته. كما يضطلع المجلس بمهمة التهيئة لاجتماعات المجلس الأعلى وإعداد جدول أعماله. وتماثل إجراءات التصويت في المجلس الوزاري نظيرتها في المجلس الأعلى النظام الأساسي.
ثالثاً الأمانة العامة
تتلخص اختصاصات الأمانة العامة في إعداد الدراسة الخاصة بالتعاون والتنسيق والخطط والبرامج المتكاملة للعمل المشترك، وإعداد تقارير دورية عن أعمال المجلس، ومتابعة تنفيذ القرارات، وإعداد التقارير والدراسات التي يطلبها المجلس الأعلى أو المجلس الوزاري، والتحضير للاجتماعات وإعداد جدول أعمال المجلس الوزاري ومشروعات القرارات، وغير ذلك من المهام النظام الأساسي.
يتألف الجهاز الإداري للأمانة العامة من الآتي:
أ- أمين عام يعينه المجلس الأعلى لمدة ثلاث سنوات قابلة للتجديد مرة واحدة.
ب- خمسة أمناء مساعدين للشؤون السياسية والاقتصادية والعسكرية والأمنية والإنسان والبيئة، ورئيس بعثة مجلس التعاون لدول الخليج العربية في بروكسل، ويعينهم المجلس الوزاري بترشيح من الأمين العام لمدة ثلاث سنوات قابلة للتجديد.
ج- مديرون عامون قطاعات الأمانة العامة وبقية الموظفين، ويتم تعيينهم من قبل الأمين العام.
يتمثل التنظيم الإداري للأمانة العامة في عدد من القطاعات المتخصصة والمساندة هي الشؤون السياسية، والشؤون الاقتصادية والشؤون العسكرية، الشؤون الأمنية، وشؤون الإنسان والبيئة، والشؤون القانونية، والشؤون المالية والإدارية، ومكتب براءات الإختراع، ومركز المعلومات. يضاف إلى ذلك ممثلية مجلس التعاون لدى الاتحاد الأوروبي في بروكسل، والمكتب الفني للاتصالات بمملكة البحرين، ومكتب الهيئة الاستشارية بسلطنة عمان.