من المحتمل أن أسرع كمبيوتر خارق في العالم لن يُعَرف على أنه أسرع كمبيوتر خارق في العالم. كانت MDgrape-3 هي أول ماكينة تكسر حاجز السرعات المتعارف عليها في عالم الحواسب حيث كانت أسرع ثلاث مرات من أسرع كمبيوتر في العالم، وهو IBM BLUEGENE-L. وهذه الماكينة متخصصة جدا لدرجة أنها لا تستطيع تشغيل برامج الكمبيوتر التي تدور بالسرعة العادية. وما تفعله هو تحديد تأثير أي مركب كيماوي على أحد أكثر الأجهزة تعقيداً في جسم الإنسان في بضع ثواني. وبالتالي فإن الماكينة كانت تستخدم فقط في الأبحاث الكيميائية، وخصوصا إثارة الديناميكيات الجزيئية. كذلك كانت تستخدم في مجال تركيب الأدوية، حيث تقوم شركات الأدوية بتحليل آلاف التركيبات الكيماوية لمعرفة كيف ستؤثر على ترابط البروتين في جسم الإنسان. وكذلك بناء البروتين الذي يطلق عليه إنزيمات هي الأجسام البنائية التي تقوم بكل الأعمال في الخلية، والطريقة التي تترابط بها البروتينات مع أي تركيب كيماوي تم إدخاله إلى جسم الإنسان تحدد استجابة الجسم لهذا الدواء حيث تنتج MDgrape-3 مهدئات لتلك التفاعلات الجزيئية.

أما الوقت الذي تستغرقه الحاسبات العادية لعمل تلك التحاليل والتي قد تصل إلى أيام، يقوم به MDgrape-3 في ثواني قليلة. تلك الخاصية الوظيفية مفيدة جدا في أبحاث الأدوية، حيث يختصر وقت البحث بشكل كبير في تنمية العقارات الجديدة.

أما من الناحية البنائية، فيمكن القول بأن MDgrape-3 هو نظام كمبيوتر متوازي يتكون من قسمين أساسيين: وحدة سيرفر أولية ووحدة محركات متخصصة. المركب الآخر هو مجموعة من 201 محرك يقومون بتشغيل شرائح خاصة قامت بتطويرها RIKEN خصيصا لجهاز MDgrape-3. تلك المجموعة من المحركات، كل منها يقوم بتشغيل 24 شريحة، وهذا الذي يقوم برفع تحليل البروتين الثقيل. كل شريحة لها سرعة تشغيل 230 بليون عملية في الثانية. وحدة السيرفر الأولية تدير مجموعة المحرك. هذا الإعداد المتوازي يقوم بتشغيل نوعين من المعالجات: 65 سيرفر تعمل بمعالج dual core intel 5000 series xeon، 256 للسيرفر الواحد، 37 سيرفر تعمل بمعالج 3.3ghz intel xeon، كل منهما بذاكرة 2 ميجا بايت كاش، 74 معالجا للسيرفر الواحد. ويتيح هذا البناء في المعدات سرعة 1 petaflop ، من الناحية النظرية تلك هي الأعلى لمعالجات محددة.

وقد تكلف بناء هذا الحاسب الضخم حوالي 9 ملايين دولار أمريكي كما استغرق حوالي أربع سنوات لبنائه. هو بالفعل فعال جداً -المجموع الكلي للتكلفة وهو 9 ملايين دولار أمريكي إذا تم تقسيمه يصبح 15 دولارا أمريكيا للجيجا فلوب الواحدة. وإذا ما أقمنا مقارنة بينه وبين الحاسب bluegene-l، والذي يعتبر بطيئاً جداً بالنسبة له فسنجد أن تكلفته كانت حوالي 140 دولارا أمريكيا لبناء الجيجا فلوب الواحدة.

وبغض النظر عما أثار سباق البيو تكنولوجي الحالي، اتفق معظم الخبراء أن النهاية المنطقية لهذا التعجل هي عقار مؤسس من الحامض النووي DNA. في عدة عقود، قد نأخذ موعد عند الطبيب لتحليل DNA سريع لنعرف إذا كان هناك مرض سوف يقوم بتهديدنا، وقد يكون هناك قرص دواء يزيل تلك الأخطار.